藥事法專利連結制度草案設計一套通知專利權人的機制，但該通知卻不是由藥事主管機關執行，而是學名藥藥證申請人自行通知，此設計恐將造成學名藥廠相當的實行障礙。
根據藥事法修正案第48條之9，學名藥廠得在申請藥證時聲明該學名藥所涉之專利權有撤銷理由或不侵權。如果提出此聲明，學名藥廠必須在主管機關送達資料齊備通知之次日起20日內，將專利權有撤銷或不侵權之理由與證據通知原藥廠及主管機關。如果原藥的藥證持有人不是專利權人或專屬被授權人，則學名藥廠必須通知該二類權利人。對未能達成通知規定之學名藥廠，主管機關將駁回該學名藥廠之申請案。
然而，藥事法修正案卻未規定學名藥廠如何「送達」通知。修正案未預見原藥廠或專利權人可能不當拒絕收受原學藥廠的通知，例如要求大門警衛不簽收、變更營業住址等等。對此類不光明手段，如果「送達」可適用行政程序法或民事訴訟法，則可用「公示送達」方式強制完成通知，而避免原藥廠或專利權人的不當行為。可惜修正案規定不清，未來必然爭議不斷。
至於通知專利代理人是否等於第48條之9的通知是有疑問的。專利代理人按照專利法僅代理申請專利行為，其他的代理行為應依照當事人雙方的約定。如果專利權人未要求專利代理人收受藥事法的通知，則該類通知儘管送達至專利代理人，其效果原則上並不及於專利權人，該通知等於是無效的通知，主管機關仍將駁回學名藥藥證申請案。
名義上，藥事法修正案對於學名藥廠的好處是能在專利到期前即取得藥證，以便在專利到期時可立即開始生產或銷售藥物。但修正案的通知制度卻讓這個好處形同虛設，因為當通知永遠送達不到原藥廠或專利權人時，學名藥廠將永遠無法取得藥證。
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